《凡尘劫》讲述了三界通道出现裂痕，引发天界、妖界与人界的混乱，导致一系列波澜壮阔的事件。故事的主人公是鸿钧道祖的小徒弟——叶凡。因三界之事，叶凡被贬到凡间，失去了原本强大的法力，成为一名普通人，开始调查三界裂痕背后的真相。
叶凡在凡间遇到了鸿钧道祖亲自选中的叶灵儿，两人因为叶家危机和妖人事件结缘。叶家因为种种困扰，陷入了巨大的困境，而妖人也在暗中挑拨事端。为了保护叶家，叶凡挺身而出，帮助叶家度过了无数难关。随着两人一起面对接二连三的挑战，叶凡与叶灵儿的感情逐渐升温，然而他们的关系也引来了秦家的重重阻挠。
在此期间，天界的神仙纷纷下界，叶凡与孙悟空的偶遇成为了重要的转折点。面对孙悟空嚣张气焰，叶凡毫不退让，成功压制了其霸道之气，并借此机会镇压了昆仑神蛟，展现了自己不凡的才华。然而，叶凡在与孙悟空和哪吒的战斗中误伤了他们，导致玉帝震怒，决定亲自下界处理此事。与此同时，秦家与鼠妖勾结，暗中谋划对叶家的打击，使得叶家势力逐渐壮大。就在这时，叶中堂回国助阵，局势一度趋向有利。
叶凡终于揭开了背后的黑手——原来，所有的阴谋和灾难都与一只鼠妖有关，鼠妖操控了秦家，甚至操纵了叶天赐，致使其与秦雨合谋，最终将叶凡的父亲杀害。与此同时，叶灵儿的爷爷也死于鼠妖之手，这一连串的变故让叶凡的道心动摇，他开始全力以赴对抗鼠妖，誓要为父报仇，为叶家报仇。
玉帝见叶凡经历这一切后道心已成，感到欣慰，特地召集师兄弟与叶凡谈话，帮助他看清了自身的错误，并鼓励他坚定信念，最终选择放下仇恨，顺应天命。就在这时，叶天赐趁机掳走了叶灵儿，叶中堂为保护叶灵儿惨遭毒手，死于鼠妖之手。叶凡陷入绝境，但他终于突破了封印，恢复了所有的法力，决定亲自出手，保护叶灵儿。
在玉帝的召集下，众仙协力护住凡间，叶凡及时赶到，与鼠妖展开了最终的生死决战。经过一番激烈的战斗，叶凡成功灭杀了鼠妖，救回了叶灵儿。此时，三界裂痕已被修补，混乱的局势得到了平息。鸿钧道祖也现身，帮助修复了三界的平衡后，便悄然离去。
然而，尽管叶凡与叶灵儿平安无事，玉帝还是为了保护三界的稳定，抹去了凡人对妖魔的记忆。叶灵儿和叶凡一起返回天庭，但受到王母的影响，叶灵儿的性格发生了微妙的变化，变得更加冷静和谨慎。两人回到天庭后，虽为三界的英雄，但他们的心境和命运也因此发生了改变。这场“凡尘劫”不仅考验了叶凡的成长，也让他深刻领悟到命运的无常和天命的力量。
